Hay una lista muy completa de aplicaciones en:
http://en.wikipedia.org/wiki/Issue_tracking_system
He estado experimentando con varios y, mi favorito, sin duda es JIRA de Atlassian software
http://www.atlassian.com/software/jira/
La única pega es que si no eres ONG o OpenSource tienes que pagar… pero el producto lo vale.
La siguiente opción ya no está tan clara (depende de tus gustos: apariencia, potencia y lenguaje de base que necesitas: unos están en PHP, otros en Java….)
Bugzilla. Muy pontente y versatil (pero poco «bonito» el interface). Totalmente gratis: https://bugzilla.mozilla.org/
Track+ (gratuito hasta 5 usuarios o universidades o ONGDS o open source): http://www.trackplus.com/index.html
Es potente, pero no tanto como JIRA… puestos a pagar un precio similar, prefiero JIRA (y ambos ofrecen un programa similar de opciones de Free license).
Trac. Super sencillo y gratuito. http://trac.edgewall.org/ demo en http://www.hosted-projects.com/trac/TracDemo/Demo/report/1
Mantis. gratis super sencillo (limitadito, pero suficiente para muchos usuarios): http://www.mantisbt.org/
Redmine (http://www.redmine.org/)
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