Para instalación local, Mind Manger (hay que pagar pero es la de mejores prestaciones) y XMind (la única que he encontrado como soft libre que se acerca bastatne a las prestaciones de Mind Manager -ha desbancado claramente a Freemind en mis preferencias-).
SI quieres una versión en red y no local MindMaister parece una buena solución (la verion gratis tiene varias limitaciones)
También está Conceptdraw, que permite integrar un gestor de proyectos (tipo MSProject) con un gestor de mapas mentales: http://www.conceptdraw.com/en/products/mmforproject/main.php
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